Pre nego što su mutanti obelodanili svoje prisustvo na svetu, i pre nego što su Čarls Zavijer i Erik Lenšer postali Profesor X i Magneto, bili su samo dva mladića koja su tek otkrivala svoje neverovatne moći. Pre nego što su postali zakleti neprijatelji, bili su najbolji prijatelji u borbi protiv zla i stradanja. Tokom ove borbe putevi su im se razišli, i započeo je večiti rat između Magnetovog Bratstva i polaznika specijalne škole Profesora X. „X-men: Prva klasa“ priča o počecima X-men sage i otkriva tajnu istoriju najvažnijih događaja iz svetske istorije.